Odbor má na starosti ochranu a lov rýb v zmysle základnej definície rybárskeho práva.
Na úseku ochrany zabezpečuje činnosť rybárskych hospodárov a rybárskej stráže v štruktúre SRZ. Organizuje pravidelné školenia pre nových záujemcov, organizuje aktívy rybárskych hospodárov ZO SRZ.
Pripravuje podklady ku koncepčným materiálom pre ministerstvá, vyhodnocuje štvorročnú činnosť pre správu na Snem SRZ, zostavuje materiály za odbor na zasadnutia Prezídia a Rady SRZ. Spracováva koncepčné dokumenty, rieši projekty, vybavuje výnimku na kormorána veľkého, ako aj všetky povolenia a výnimky zo zákona o ochrane prírody a krajiny. Vedie a pripravuje zmeny v revírovaní rybárskych revírov SRZ v rámci celého Slovenska. Pripravuje podklady k žiadosti na dotáciu z environmentálneho fondu.
Prostredníctvom ichtyológov Rady SRZ zabezpečuje stanoviská k investičným zámerom žiadateľov, pripravuje podklady pre štátne úrady v SR, zabezpečuje ichtyologické prieskumy pre potreby ZO SRZ, ako aj pre svoje stanoviská.
Navrhuje zarybňovacie plány a po ich odsúhlasení v koordinácií s odborom výroby dohliada na ich plnenie a vyhodnocuje ich. Každoročne eviduje a vyhodnocuje úlovky a zarybnenie revírov SRZ. Pripravuje a zadáva do tlače všetky povolenia na rybolov a rybárske poriadky vydávané Radou.
Na revíroch Rady SRZ organizuje celoročnú činnosť rybárskych hospodárov a rybárskej stráže. Zabezpečuje pravidelné pracovné porady a metodicky usmerňuje ich činnosť. Vedie evidenciu zarybňovania a úlovkov na revíroch Rady SRZ a dbá na celoročnú ochranu rybárstva na týchto revíroch. Vyvíja úsilie na zlepšenie a udržanie ichtyofauny, a to aj prostredníctvom podpory prirodzenej reprodukcie na revíroch Rady SRZ.
Zabezpečuje publikačnú činnosť, prezentuje svoje aktivity na konferenciách, prispieva informáciami na webstránku SRZ a v rybárskych časopisoch.
